החיסרון של דיו צבע הוא שהוא אינו עמיד למים, ומכיוון שמולקולות הצבע מתפרקות במהירות תחת קרינה אולטרה סגולה, ברור שהוא ידהה תוך חודש לאחר השימוש בחוץ תחת קרינה אולטרה סגולה.
החיסרון הוא שרוב צבעי הפיגמנט יגרמו לשאריות חומרי צבע על פני השטח. לכן, אפילו הדפסה על נייר מבריק ונייר אחר עם משטח שטוח לא יכולה להדפיס תמונות מבריקות, וזו הסיבה שלדברים המודפסים בדיו פיגמנט אין בדרך כלל ברק. בנוסף, עלות הייצור של דיו פיגמנט גבוהה יותר, כך שגם מחיר המכירה גבוה מזה של דיו לצביעה, והפרש המחירים הוא יותר מפי שניים עד ארבעה.
